Chacun des segments de la voie génitale fabrique un marqueur qui lui est propre et qui passe dans la phase liquide du sperme, appelée liquide séminal :

• L'épididyme, situé à la sortie du testicule, fabrique de l'alpha-glucosidase et de la carnitine ;
• Les vésicules séminales, branchées sur les canaux déférents, fabriquent du fructose ;
• La prostate, située au point de rencontre des voies génitales et urinaires, fabrique de l'acide citrique et du zinc.

Un dosage abaissé d'un marqueur signifie soit que le segment de la voie génitale responsable de sa fabrication n'est plus fonctionnel, soit qu'il existe un obstacle sur la voie génitale juste après ce segment.

Un dosage élevé d'un marqueur signifie qu'il existe un processus inflammatoire et/ou infectieux sur le segment responsable : en réponse, le segment fabrique une quantité trop élevé de marqueur.

L’intérêt de la biochimie du liquide séminal est donc double : vérifier l'intégrité de la voie génitale et en cas d'anomalie en préciser le niveau.