Présentation
La plateforme de PCR digitale du CHU de Clermont-Ferrand est hébergée au sein du service d’Hématologie Biologique de l’hôpital Estaing. Elle est sous la responsabilité du Pr Marc Berger et du Pr Andreï Tchirkov. La plateforme est ouverte du lundi au vendredi de 8h30 à 16h30. Elle est accessible à tous les services hospitaliers et toutes les équipes de recherches (secteur public ou privé) qui en feront la demande.
Le fonctionnement de la plateforme est soumis à des procédures définies par le responsable de la plateforme. Tous les utilisateurs doivent avoir pris connaissance de la charte d’utilisation, la signer et s’engager à la respecter.
Equipements disponibles sur la plateforme
Extracteur d’acides nucléiques Maxwell® CSC (Promega) permettant une extraction automatisée d’acides nucléiques à partir de culots cellulaires, liquides biologiques, tissus... Il permet de traiter jusqu’à 16 échantillons.
Système naica™ (Stilla Technologies)
- Naica Geode (x2), permettant à la fois le partitionnement en crystal de gouttes et la réalisation du procédé de PCR dans chaque micro compartiment, via un contrôle coordonné de la pression et de la température
- Le Naica Prism6, nécessaire à l’imagerie par fluorescence des cristaux de goutte via 6 canaux de détection
- Crystal Miner, logiciel de traitement et d’analyse des données
GEODE
Samples are partitioned into a large array of thousands of individual droplet crystals before amplifying nucleic acid molecules in each droplet crystal
PRISM6
Read Sapphire and Ruby chips using the 6 channels (Naica Prism6)
Chaque geode peut accueillir 3 puces Sapphire (4 échantillons/puce) ou 3 puces Ruby (16 échantillons/puce).
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Puce Sapphire
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Puce Ruby
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| Nb d'échantillons/puce | 4 | 16 |
| Volume total (mix + échantillon) à déposer (µl) |
5µl/puits |
25µl/puits |
| Nombre de goutelette/puits | Jusqu'à 17 000 | Jusqu'à 30 000 |
QX200 (BIO-RAD)
- AutoDG : Générateur de gouttelettes permettant de créer une émulsion de l’ensemble échantillon/mix PCR dans une huile dédiée. Cette étape permet le partitionnement du mélange réactionnel
- C1000 : thermocycleur 96 puits « classique » pour la réalisation d’une PCR en point final
- QX200 Droplet Reader : Lecteur qui permet l’analyse successive de la fluorescence de chaque gouttelette
Quelle technologie choisir ?
| Stilla | Bio-Rad | |
| Nombre d'échantillon/run | 48 | 96 |
| Nombre de couleurs lues | 6 | 2 |
| Nombre de gouttelettes | Jusqu'à 30 000 | Jusqu'à 20 000 |
Le choix de la technologie sera guidé par le personnel de la plateforme.
Contact (pour information, établissement d’un devis)
Les nouveaux utilisateurs doivent prendre rendez-vous auprès des responsables et/ou ingénieur de la plateforme pour discuter de la faisabilité du projet et de l’implication de la plateforme.
Lors de ce premier rendez-vous, les futurs utilisateurs devront présenter le contexte et les objectifs de l’étude. Une « fiche projet » leur sera remise, elle devra être complétée et signée par le responsable du projet. Cette fiche comprend :
- Le titre du projet
- Un résumé de l’étude
- La nature des échantillons à analyser
- Le type et le nombre d’analyses à réaliser
- Le type de partenariat envisagé (prestation de service, collaboration…)
Pour les demandes émanant de structures n’appartenant pas au CHU, l’accès à la Plateforme ne pourra se faire que dans le cadre d’une prestation de services ou d’un projet collaboratif après avoir pris contact avec les responsables.
Coordonnées de la plateforme :
Service d’Hématologie Biologique, Site Estaing
1 place L. et R. Aubrac, 63003 Clermont-Ferrand
Téléphone : 04 73 75 03 68
Mail : plateforme-ddpcr@chu-clermontferrand.fr
Responsables :
Pr Marc Berger - mberger@chu-clermontferrand.fr
Pr Andreï Tchirkov - atchirkov@chu-clermontferrand.fr
Ingénieur :
Céline Bourgne - cbourgne@chu-clermontferrand.fr
