Présentation
La plateforme de Génétique Moléculaire (PGM) du CHU de Clermont-Ferrand est hébergée au 3ème étage du Centre de Biologie (site Gabriel-Montpied). Elle est sous la responsabilité du Pr Andreï Tchirkov. Cette plateforme est équipée de la technologie Illumina (séquençage par synthèse). Le fonctionnement de la plateforme est régi par une charte d’utilisation qui devra être signée avant le début du projet.
La plateforme est ouverte du lundi au vendredi de 8h30 à 16h30. Elle est accessible à tous les services hospitaliers et toutes les équipes de recherches (secteur public ou privé) qui en feront la demande. Elle peut prendre en charge l’intégralité du processus de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’au séquençage. La plateforme peut également proposer des analyses bio informatiques qui seront définies en accord avec le responsable au début de chaque projet.
Équipements disponibles sur la plateforme
- Extracteur d’acides nucléiques LabTurbo 24C (Bionobis) permettant une extraction automatisée d’acides nucléiques. Il permet de traiter jusqu’à 24 échantillons
- Ultrasonicateur M220 (Covaris) permettant de fragmenter l'ADN ou la chromatine pour la préparation de librairies pour le séquençage à haut-débit. Il est conçu pour des programmes de fragmentations optimisés de façon à générer des fragments d'une taille comprise entre 150 et 5 000 pb
- TapeStation 4150 (Agilent) permettant de réaliser une électrophorèse automatisée (technologie ScreenTape) pour le contrôle qualité des acides nucléiques (intégrité des acides nucléiques, taille des fragments générés). Une large gamme d’applications est disponible pour les ARN et ADN. Elle permet de traiter jusqu’à 16 échantillons.
- Séquenceurs (Illumina) 2 séquenceurs Illumina MiSeq : ces séquenceurs permettent de générer de 1 à 25 millions de paires de séquences en fonction de la trousse de séquençage choisie (cf. ci-dessous).
- 1 séquenceur Illumina NextSeq 500 : il permet de générer jusqu’à 400 millions de paires de séquences en fonction de la trousse de séquençage choisie (cf. ci-dessous).
L’automate et la trousse de séquençage seront choisis lors des discussions avec l’équipe de la plateforme.
Contact (pour information, établissement d’un devis)
Les nouveaux utilisateurs doivent prendre rendez-vous auprès du responsable de la plateforme pour discuter de la faisabilité du projet et de l’implication de la plateforme. Une réunion sera organisée afin de discuter du projet.
Coordonnées du responsable de la plateforme :
Pr Andrei TCHIRKOV
Téléphone : 04 73 75 07 07
Mail : atchirkov@chu-clermontferrand.fr
Service de Cytogénétique Médicale, site Estaing
1 place Lucie et Raymond Aubrac
63003 Clermont-Ferrand - Cedex 1
