Conformément au cahier des charges établi par le Ministère de la Santé, les missions principales du CNR EV-PeV en terme de santé publique sont : (1) de coordonner avec Santé publique France la surveillance épidémio-clinique des infections à EV et HPeV ; (2) de surveiller l’introduction et l’éventuelle circulation de poliovirus potentiellement neurovirulents sur le territoire français ; (3) de promouvoir le diagnostic et de renforcer la surveillance des infections à HPeV ; (4) de développer les techniques d’identification et de caractérisation des souches d’EV et de HPEV, notamment en s’appuyant sur les nouvelles méthodes de séquençage (NGS, WGS).

L’objectif de la surveillance est double : alerter précocement sur la survenue d’une épidémie estivale de grande ampleur ou l’émergence d’une forme clinique inhabituelle, et suivre les types d’EV associés aux différents syndromes cliniques. Outre le suivi épidémiologique des EV associés aux épidémies de méningites saisonnières, le typage moléculaire présente un intérêt : (1) pour les tableaux d’infections neuro-méningées graves telles que les encéphalites ou les paralysies flasques aiguës (notamment pour documenter le rôle des EV non-poliomyélitiques et exclure les poliovirus), (2) pour toutes les infections à EV sévères (infections néonatales disséminées, infections associées à des morts subites, myocardites, détresses respiratoires…), (3) pour la surveillance spécifique de l’EV-A71 et l’EV-D68 à potentiel épidémique et associés à des tableaux neurologiques et respiratoires graves, (4) pour l’investigation de cas groupés (contexte nosocomial). La surveillance est organisée depuis 1996 autour du Réseau de Surveillance des entérovirus (RSE), qui regroupe une quarantaine de laboratoires de CHU et CH en France métropolitaine transmettant au CNR les échantillons biologiques testés positifs en EV, EV/rhinovirus et HPeV pour identification moléculaire (génotypage) ainsi que les données cliniques associées.

Les missions du CNR sont assurées par trois laboratoires : le laboratoire de virologie du CHU de Clermont-Ferrand (laboratoire coordonnateur), le laboratoire de virologie du CHU de Lyon (laboratoire associé) et le laboratoire Centre Collaborateur polio OMS de l’Institut Pasteur (laboratoire associé).

Les 2 laboratoires de CHU du CNR EV-PeV assurent le typage moléculaire des EV pour les CHU de Lyon et Clermont-Ferrand ainsi que les CH/CHU de France Métropolitaine, et bientôt certains CH/CHU ultra-marins, ainsi que de rares PCR de diagnostic pour les laboratoires ne réalisant pas ces techniques.

Dans le cadre du programme international d’éradication de la poliomyélite, le LA de Lyon et le LA de l’Institut Pasteur ont pour mission de surveiller l’introduction et la circulation de poliovirus potentiellement neurovirulents, sachant que toute suspicion de poliomyélite clinique est à déclaration obligatoire sur le territoire français.

Le CNR EV-PeV a également pour mission de promouvoir le diagnostic et le typage des infections systémiques à HPeV chez les nouveau-nés et jeunes nourrissons, puisque des formes sévères peuvent être observées au cours de ces infections. Pour ce faire, le CNR EV-PeV s’appuie sur les laboratoires partenaires du RSE. Les objectifs sont de : (1) Connaître précisément l’épidémiologie des infections à HPeV en France métropolitaine (2) Offrir une possibilité diagnostique au clinicien, sachant que le diagnostic des infections à HPEV fait partie du diagnostic différentiel des infections à EV en période néonatale (3) Alerter sur la survenue d’une épidémie ou de formes cliniques inhabituelles et/ou sévères.