Le service de Virologie est situé au 5e étage du Centre de Biologie (site Gabriel Montpied).
Des prélèvements pour examens virologiques peuvent être réalisés pour les consultants externes dans les centres de prélèvement du site Gabriel Montpied (Centre de Biologie, niveau 0) et du site Estaing (Hall central, niveau 0).

Activité hospitalière :

• Diagnostic et suivi des infections virales aiguës et chroniques
• Détermination du statut immunitaire
• Suivi de l’efficacité des traitements antiviraux et aide à l’adaptation thérapeutique (pour la région Auvergne)
• Diagnostic prénatal des maladies infectieuses virales (laboratoire agréé)
• Qualification virologique des dons d’organes, de tissus et de cellules, avec une double activité astreinte médicale et technique 24h/24h pour les dons d’organes de la région Auvergne (depuis 1986), les cardiopathies et hépatites fulminantes, et les accidents d’exposition au sang
• Recherche clinique
• Participation aux groupes de travail de l’ANRS : AC11 groupe Résistance et AC33 groupe Virologie médicale
• Participation au projet ESTHER : site de Ouagadougou, hôpital Yalgado Ouedraogo, Burkina Faso Techniques diagnostiques : sérologies virales, diagnostic moléculaire, séquençage des génomes viraux, génotypage, cultures cellulaires.

Activités de référence au niveau régional :

• Aide au diagnostic des encéphalites, des infections neuro-méningées et des infections respiratoires graves
• Diagnostic des viroses émergentes (grippes aviaires, MERS-Coronavirus, etc) en laboratoire de haute sécurité (L3), manipulation d’agents hautement pathogènes en cas d’alerte terroriste
• Membre du réseau français des laboratoires Biotox-Piratox, région Sud-Est.

Suivi épidémiologique en lien avec des structures sanitaires nationales :

• Institut national de Veille Sanitaire ; Infection par le VIH, hépatites virales, rubéole
• CNR de la grippe France Sud (Lyon) : Virus de la grippe et autres virus respiratoires
• ARS Région Auvergne : Virus à caractère épidémique

Activité de Centre National de Référence des entérovirus et parechovirus (Laboratoire Associé):
Site internet http://cnr.chu-clermontferrand.fr
Principales missions :

• Expertise virologique :
  diagnostic et identification des entérovirus non poliomyélitiques

• Surveillance épidémiologique :
  animation du Réseau de surveillance des Entérovirus (RSE), épidémiologie moléculaire à partir des souches circulant en France, datation moléculaire de l’émergence de variants viraux, expertise phylogénétique

Alerte sanitaire en cas de présentation clinique sévère ou inhabituelle ou de cas groupés

Enseignement et recherche :
Site de rattachement pour l’enseignement : Université d’Auvergne, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Clermont-Ferrand

Structure de recherche :
Equipe d’Accueil EA4843 – EPIE : Epidémiologie et physiopathologie des infections à entérovirus Directeur : Jean-Luc Bailly

Collaborations locales :

• Université Blaise Pascal, LMGE

Collaborations nationales :

• Equipe du Pr Delpeyroux
• Unité « Biologie des virus entériques », Institut Pasteur, Paris
• Equipe du Pr Jean-Michel Pawlotsky
• IMRB
• Inserm U955, Equipe n°18 « Virologie moléculaire et immunologie–Physiopathologie et thérapeutique des hépatites virales chroniques »
• Hôpital Henri Mondor, Créteil

Collaborations internationales :

• Equipe de Sabine Diedrich, National reference center for Poliomyelitis, Robert Koch Institut, Berlin, Allemagne
• Equipe de Gisela Enders, Labor Prof G Enders & Partner, Stuttgart, Allemagne
• Equipe de Blenda Böttiger, National WHO poliovirus Laboratory, Copenhagen, Danemark
• Equipe de Christina Christodoulou, Cyprus Institute of Neurology & Genetics Nicosia, Chypre
• Equipe de Clara Larcher, Laboratorio Aziendale di Microbiologia e Virologia, Bolzano, Italie
• Equipe de Hartwig Huemer, Reference Center for Poliovirus, Vienne, Autriche
• Equipe de Marta Melles, National Poliovirus Reference Laboratory, Budapest, Hongrie

Accueil de stagiaires de tout niveau : IUT, BTS, Master 1, Master 2, élèves ingénieurs, internes, thèse d’exercice en médecine et en pharmacie, thèse d’université en Sciences de la vie et de la santé.

Activités actuelles d’expertise au niveau national (Pr Hélène Peigue-Lafeuille) :

• Haut Conseil de la Santé Publique, commission spécialisée maladies transmissibles (Vice-présidente) Thématiques actuelles : nouveau coronavirus, grippes, HPV
• Coordination et rédaction de publications didactiques faisant référence dans la discipline : Référentiel de Microbiologie REMIC, éditions 2010 et 2012 European Manual of Clinical Microbiology, édition 2012 Chapitre « Pathogens relevant in the central nervous system ». In Molecular diagnosis of infectious diseases. Coordinateur H Kessler, 1ère et 2ème editions, De Gruyter Berlin/New York.